Die Stiftung betreibt die 1971 von Carl gegründeten Basler Afrika Bibliographien mit ihren weltweit einzigartigen Beständen zu Namibia und fördert die geisteswissenschaftliche Forschung zu Afrika. Ihre inhaltlichen Schwerpunkte setzt die Stiftung in Namibia und im südlichen Afrika. Neben der Förderung der African Studies am universitären Standort Basel betrifft dies die Stärkung der Ausbildung in Namibia und die Unterstützung von Dokumentations- und Forschungsprojekten.
Die Carl Schlettwein Stiftung ist vom Kanton Basel-Stadt als gemeinnützige Stiftung anerkannt und ist Mitglied von proFonds, dem Dachverband gemeinnütziger Stiftungen der Schweiz.